En la época prehispánica, la región estaba poblada por aguerridos indígenas Chichimecas, los cuales desde entonces hicieron pequeños pozos en el lugar para extraer minerales.  Las excavaciones eran rudimentarias y  medían no más de 5 metros de profundidad.

En 1576, los conquistadores españoles construyeron en el sitio un pequeño fuerte para proteger la Ruta de Plata, que iba de Zacatecas a México, de los frecuentes asaltos Chichimecas. Este presidio fue llamado Palmar de Vega y de esta manera nace el poblado con el mismo nombre.

Como los indígenas nativos no pudieron ser sometidos por las armas, fueron enviados misioneros de la Compañía de Jesús para tratar de pacificarlos. Los evangelizadores jesuitas se dieron cuenta de la riqueza mineral del área y le enseñaron a los indígenas técnicas europeas para la extracción y beneficio de metales. De tal enseñanza quedaron como vestigio tres hornos cónicos construidos en 1595.  Durante la estancia de estos misioneros se trabajaron minas de mercurio, plata y oro. Poco a poco se encontraron mayores yacimientos por lo que la importancia económica y política del Palmar empezó a crecer.

En 1658, a Palmar de Vega se le agrega el nombre de San Pedro, en honor al santo patrono impuesto a los indígenas que trabajaban en las minas.  Más tarde, en 1701, es llamado Real de Minas de San Pedro de los Pozos.   Pozos es en referencia a las excavaciones o tiros de las minas.

Los jesuitas fueron expulsados de la Nueva España en 1767 por sus ideas revolucionarias; sin embargo, dejaron como herencia a los poceños las bases de la metalurgia.

Durante la mayor parte del siglo XIX, el Mineral de Pozos tuvo largos periodos de abandono debido a los movimientos armados de Independencia, Reforma, Sierra Gorda e Intervención Francesa.  La miseria reinaba entre sus 8,000 habitantes.

A partir de 1888, bajo el mandato del dictador Porfirio Díaz, milagrosamente cambió el  sombrío estado de la industria minera local. Los principales factores que determinaron este cambio fueron la consolidación de la paz, las facilidades que el gobierno otorgó a los mineros, la enorme inversión de capital nacional y extranjero, la introducción del ferrocarril y la implementación de modernos sistemas de extracción y beneficio.

El impresionante auge minero de esta época contribuyó a un crecimiento económico, comercial y demográfico sin precedente en la historia de Pozos. Por lo que en 1897, el poblado fue elevado al rango de ciudad y recibió por nuevo nombre el de Porfirio Díaz

Atraídos por la facilidad de amasar riquezas inmigrantes de Estados Unidos, España, Francia, Italia, Alemania, e Inglaterra llegaron a Ciudad Porfirio Díaz. Asimismo, arribaron trabajadores de Guanajuato, Zacatecas, San Luis Potosí, Hidalgo y otros estados de la república. De esta manera, a principios del siglo XX la población aumentó a la considerable cantidad de 80,000 habitantes, muchos de ellos flotantes.

En el mismo periodo, se instalaron importantes establecimientos comerciales como Fábricas de Francia, Fábricas de París, El Vesubio, La Fama y La Libanesa. Además, surgieron relevantes centros de servicio como restaurantes, mesones, casas de huéspedes, hoteles, lugares de diversión y teatro.

La prosperidad económica contribuyó a grandes avances en el sector educativo y de bienestar social. Por ejemplo, se construyó una suntuosa Escuela Modelo, como parte de un experimento que el gobierno porfirista importó de Francia.

El estallido de la Revolución Mexicana en 1910 marcó el inicio del debacle minero de la ciudad. La inestabilidad, las frecuentes batallas y saqueos causaron escasez de alimentos, fugas de capital y emigración.

En 1926, comenzó un segundo periodo de decadencia con la aparición del movimiento Cristero. Las nuevas batallas incrementaron la incertidumbre y la inseguridad de la zona.

La desgracia aumentó en 1928 por un decreto del gobierno estatal que redujo el estatus político de la ciudad, al de tan solo delegación municipal. Por ende, sus privilegios políticos y económicos fueron arrebatados.  También, el nombre fue cambiado por el de Mineral de Pozos, su nombre actual.

De estos golpes Pozos ya nunca se recuperaría. Para mediados de la década de 1930, gran parte de la población desalojó el lugar y la mayoría de las compañías mineras quebraron. El peligro de permanecer ahí, los continuos saqueos, la escasez de inversión, la falta de apoyos y la inundación de las minas fueron los motivos del colapso total.

Por muchos años el pueblo fue ignorado, sus edificios saqueados y destruidos. Ya para los años cincuenta era un pueblo fantasma, en completo abandono, con una población de tan solo 1,000 habitantes.

En los 60´s y 70´s hubo algunos intentos por reactivar la economía puesto que se pavimentó la carretera que lo comunica con San Luis de la Paz y San José Iturbide, se reinstalaron los servicios de teléfono y agua potable, se estableció una fábrica de cerillos, se construyeron escuelas y se creó una estación de radio.

Después de décadas de olvido, en 1982  el gobierno federal finalmente reconoció la importancia histórica del Mineral y lo decretó Zona de Monumentos Históricos.

Desde finales de los años 80´s, los poceños han tratado de atraer turismo y desarrollar su comunidad por medio del fomento cultural y la celebración de eventos artísticos como la Fiesta de la Toltequidad, el Festival del Mariachi y la tradicional Fiesta del Día de Muertos. 

En los últimos años, ha recibido una pequeña colonia de extranjeros que buscan un lugar apartado para dedicarse al descanso y a las artes.   Algunos de ellos, han abierto pequeños hoteles boutique y restaurantes.   Asimismo, se espera que próximamente haya una gran inversión de parte de la inversión privada y gubernamental para convertirlo en un gran destino turístico.